Até o século XVI, a região era habitada pelos índios puris. A partir de então, a região foi ocupada por bandeirantes e aventureiros que demandavam a baixada pelos afluentes da margem esquerda do Rio Paraíba do Sul. A atividade econômica predominante passou a ser a criação de gado, que se desenvolveu em fazendas de grandes extensões.

Em 1831, o desbravador José de Lannes Dantas Brandão esteve na região, com iniciativas que passaram a atrair população para o núcleo pioneiro do futuro município. Lanes chegou à região após sua deserção da milícia do exército. Só viria a se fixar em 1834, quando se estabeleceu num lugar que foi denominado Porto Alegre. Pelos serviços de colonização, foi perdoado pelo governo, vindo a ser morto, no entanto, por seus escravos em 1852.

Em 1832, os Três Josés: José Garcia Pereira, José Ferreira César e José Bastos Pinto, vieram a região atrás de ouro. José Ferreira César era parente de José de Lannes.^[13] Eles se fixaram no Arraial de Laje, atual Laje do Muriaé, e são considerados fundadores da cidade.

A partir do final do século XIX, com o advento da economia cafeeira, a colonização se efetuou de forma rápida e uniforme.

Em 1834 surge o povoado de Natividade do Carangola, fundado por José de Lannes.

As negociações para desmembrar o território que hoje é Itaperuna começou em 1870, e as discussões foram realizadas em Laje do Muriaé. O principal articulador político para a construção de uma vila foi o Comendador Venâncio José Garcia. O Comendador Venâncio era muito bem visto por D. Pedro II e tinha bastante influência política.

Em 24 de novembro de 1885, o Decreto 2 810 elevou a Freguesia de Nossa Senhora da Natividade de Carangola (um dos primeiros nomes da cidade) à categoria de Vila de Itaperuna, levando esse nome por ser passagem para se chegar à Pedra Elefantina, localizada na divisa estadual de Minas Gerais com Rio de Janeiro; entre os municípios de Porciúncula e Antônio Prado de Minas.

O Comendador Cardoso Moreira era o principal interessado na criação da vila, visto que era donos das terras aonde seria fundado a vila. A criação de uma vila no local ajudaria em seus negócios, pois era acionista majoritário da Estrada de Ferro Campos a Carangola.^[14]

Para que fosse possível a emancipação de Campos dos Goytacazes, a Assembleia Provincial, em 1887, transferiu a sede de Natividade do Carangola para a Freguesia do Porto Alegre, em terras doadas pelo Comendador José Cardoso Moreira. Atualmente essa sede é a sede do município de Natividade.

Em 1887, foi criada a freguesia de São José do Avaí, nome em homenagem às armas brasileiras na Batalha de Avaí, na Guerra do Paraguai. Foram doados quinze alqueires de terra para patrimônio dessa vila pelo senhor Jaime Porto. A povoação foi elevada à categoria de vila em 1887, com a denominação de São José do Avaí, favorecida pela posição geográfica de fácil acessibilidade a Campos dos Goitacases, reforçada posteriormente pela ligação ferroviária. A cidade teve o núcleo inicial em torno da linha da estrada de ferro, à margem esquerda do Rio Muriaé. Hoje, ambos os lados do rio estão ocupados pela malha urbana.

A área experimentou crescimento regional, concomitante à ampliação de sua importância administrativa e, em 1889, foi elevada à categoria de cidade, não fazendo mais parte do município de Campos dos Goytacazes, com o nome de Itaperuna, assim Campos dos Goytacazes perdeu a metade de seu território.

 

Em 10 de maio de 1889, foi feita a primeira eleição para a câmara dos vereadores, sendo a vitória dos republicanos, que tomaram posse no dia 4 de julho do mesmo ano, sendo, portanto, a primeira câmara republicana do país, em pleno regime monárquico, regime esse que viria a ser desbancado pelo marechal Deodoro da Fonseca em 15 de novembro desse mesmo ano. Em 6 de dezembro de 1889, foi a vila de São José do Avaí transformada em município de Itaperuna, sendo criada sua respectiva comarca.

O desenvolvimento da economia cafeeira na área foi responsável pela concentração de atividades comerciais e de serviços na cidade de Itaperuna, que passou a desempenhar funções de centro sub-regional do nordeste fluminense. A cultura cafeeira foi um grande destaque na economia da cidade por mais de quatro décadas, tornando-a, em 1927, a maior produtora nacional.

O declínio da atividade cafeeira fez com que a região passasse a sofrer fortes efeitos regressivos. A pecuária de corte desenvolveu-se, então, voltada para o abastecimento dos grandes matadouros e frigoríficos, desenvolvendo-se, posteriormente, a produção leiteira, estimulada pela presença da fábrica de leite em pó Glória na sede municipal.

A área municipal, atualmente, não abrange a mesma base territorial da época da criação, que se estendia aos atuais municípios de Laje do Muriaé, Natividade e Porciúncula, porém sua importância permanece na região. Do território original do município de Itaperuna, foram desmembrados os seguintes municípios: Bom Jesus do Itabapoana em 1938, Natividade e Porciúncula em 1947 e Laje do Muriaé em 1962, ficando Itaperuna com seu atual contorno.